Progimnazija savo logotipą turi nuo 2001–ųjų metų. Tais metais kovo mėnesį buvo paskelbtas jo kūrimo konkursas. Emblemos piešinys turėjo būti paprastas, aiškus ir, žinoma, originalus. Konkurse dalyvavo mokiniai, mokytojai, rėmėjai (dalį konkursui pateiktų logotipų rasite čia ). Po ilgų diskusijų ir rinkimų buvo patvirtintas logotipas, kurio autorius – Lietuvoje žinomas dizaineris Darius Linkevičius.

Logotipo centre – namo kontūrai ir nata. Jie simbolizuojama Šiaulių miesto centre įsikūrusią bendrojo ir papildomo muzikinio lavinimo mokyklą. „Juventa“ – antrieji namai, kuriuose ne tik mokomasi, bet augama kūnu ir dvasia.

Logotipe vyrauja žalia ir balta spalva. Žalia reiškia džiaugsmą, sveikatą, viltį, balta – dorumą, šviesą, išmintį, sėkmę, švarą.

2017 m. dizaineris Darius Linkevičius sukūrė naują progimnazijos logotipą, kuriame geltonas skritulys simbolizuoja saulę.